C'est sans doute vers 1803 que la paroisse Yainville fut rattachée sur le plan spirituel à celle de Jumièges. Si bien que l'église sera désaffectée pendant plus de 40 ans. Mais dès 1806, on se souciait déjà de son état. En témoigne cet échange de courrier entre le maire, François Lesain et le préfet.
 
En février 1806, l'administration napoléonienne promulgua un décret selon lequel toutes les églises et presbytères désaffectés devenaient propriété des conseils paroissiaux dont ils dépendaient.
A Yainville, le presbytère échappait à cette directive puisqu'il était devenu propriété privée. Sous la révolution, le maire de l'époque, Jacques Rollain, s'en était porté acquéreur lors de la vente des biens nationaux.
En revanche, l'église vidée de son curé revenait de droit à la fabrique de Jumièges d'où s'organisait désormais le culte.


On ne sait dans quel esprit le préfet écrivit au maire d'Yainville en août 1806. Il lui demandait en tout cas une estimation des réparations éventuelles à  effectuer dans l'église de sa commune. Le 18 septembre suivant, François Lesain répond :

"Je n'ai point fait dresser de devis estimatif de l'église de ma commune, vu qu'elle n'est susceptible que de très légères réparations tel que vous verrez par un procès-verbal qui en a été dressé le cinq thermidor an neuf.
Le cimetière étant entouré en partie de mur, lequel à besoin de quelque réparation, si toutes fois il est urgent d'en faire dresser un devis, je vous prie de m'en informer. Le presbytère étant aliéné ne devient plus à la charge de la commune."

Le 30 septembre, le préfet répond :

"Je n'ai aucune connaissance du devis estimatif des réparations à faire tant à votre église qu'à votre presbytère que vous me dites avoir été dressé en l'an 9, je vous prie de m'en envoyer un nouveau de l'état actuel des réparations à faire, quelle que soit leur modicité, comme je vous l'ai marqué par ma lettre du 12 août dernier."

Du coup, François Lesain fit appel à un homme de l'art et, le 30 octobre, il put enfin renseigner le préfet :

"J'ai l'honneur de vous transmettre ci-joint un devis estimatif des réparations qui sont à faire à l'église de ma commune. Je vous observe que sa charpente est en bon état et que le presbytère n'appartient plus à la commune."

Le devis établi par le maçon porte sur les maçonneries intérieures, la couverture du chœur et le mur du cimetière :

"J'ai soussigné Pierre Lefebvre, maître maçon, demeurant en la commune du Landin, département de l'Eure, ayant été requis par Monsieur le maire de la commune d'Yainville, arrondissement de Rouen, pour faire la visite des réparations et rédifications (sic) de maçonnerie et couverture qui se trouvent à faire à l'église de la dite commune d'Yainville, je me suis transporté sur le lieu accompagné de Monsieur le maire et adjoint, ai fait l'examen et estimation ci après.
Dans la nef, les jispes (sic) à faire en plâtre et mortier ; dans l'intérieur des murs, quatorze mètres de long chacun des deux côtés, parallèles, sur deux mètres de haut, ce qui fait cinquante six mètres de superficie estimé à un franc dix centimes le mètres soit soixante et un francs soixante centimes.
Le bout de l'église tenant au portail, six mètres de long sur deux de haut fait douze mètres de superficie, fait quatorze francs vingt centimes.
La couverture du chœur en ardoise dans la forme de demie conique plaquée contre le bout de l'église de dix mètres de contour sur cinq mètres cinq décimètres de haut fait vingt sept mètres de superficie estimée à sept francs le mètre, fait cent quatre vingt neuf francs.
Le mur du cimetière à refaire en pierre et bloc et mortier de cent seize mètres de long sur un mètre trois décimètres de haut fait cent cinquante mètres huit décimètres de superficie estimée à trois francs le mètre, fait quatre cent cinquante deux francs quarante centimes.
De ce que dessus j'ai fait et rédigé le présent que nous avons signé à Yainville, le vingt quatre octobre mil huit cent six.
Pierre Lefèbvre, François Lesain et Pécot signent.

Ces travaux furent-ils exécutés ? Toujours est-il que François Lesain, dont la ferme se situait à l'arrière, espéra voir cette église rouverte un jour au culte. C'est pourquoi il légua une somme conséquente à son héritier qui, lui, fit tout pour empêcher la chose. Au fil des ans, l'édifice allait se dégrader. Quand il fut miraculeusement sauvé en 1846.

Cote 7V179. Document numérisé aux archives départementales par Josiane et Jean-Yves Marchand, rédaction : Laurent Quevilly.